盐碱地的共性是有机质含量低，土壤理化性状差，对作物生长有害的阴离子、阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。在复合微生物肥料和生物有机肥的作用下，盐碱地的有害离子含量和pH值明显降低，土壤缓冲性能改善，作物的耐盐碱性提高。
施用复合微生物肥料和生物有机肥，能提高土壤肥力，改善土壤结构，降低毛细管水运动的速度和水分的无效蒸发，明显抑制返盐；还能增加土壤有效钙的含量，微生物分解有机质产生的有机酸也能使土壤吸附的钙活化，加强对土壤吸附性钠的置换作用，脱盐脱碱。
盐碱地施肥原则是增施复合微生物肥料和生物有机肥，控制化肥用量。基肥多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥用量。化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。有条件的地方，可采用秸秆还田、种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。
砂土地施用化肥，必须与复合微生物肥料、生物有机肥或其他有机肥配合施用，而且要分次少量施用，即“少吃多餐”，以提高肥效，减少养分损失。砂土地大量增施生物有机肥，可提高土壤有机质含量，改善保肥能力。砂土通气状况好，土性暖，有机质易分解，施用未完全腐熟的有机肥料或牛粪等冷性肥料所受影响比黏土地要小。有条件的地区可种植耐瘠薄的绿肥，改良土壤理化性状。
复合微生物肥料、生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，能够促进土壤团粒结构的形成，使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供舒适的环境。土壤理化性状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而最大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，最终达到增产增收的目的。（卓迪）
